Sebagaimana pesantren pioneer lainnya, pesantren Darussalam Martapura juga mengembangkan ciri khas/keunggulan yang mendorong para santri untuk terus berdatangan ke pesantren ini. Adapun ciri khas pesantren ini
- Kurikulum pesantren mengacu pada kitab kuning standar (kitab mu’tabarah) dan referensi yang sejalan dengan ahlussunnah wal jama’ah madzhab Syafi’i, sementara sekolah menggunakan sistem klasikal. Sebagaimana tradisi keilmuan klasik ala pesantren sistem pembelajaran menggunakan cara sorogan yakni guru membacakan kitab dan menjelaskan isinya santri menyimak dengan kitabnya masing dan men-dhobit berdasarkan penjelasan guru, dan wetonan yakni murid membacakan kitab bergantian dengan disimak oleh gurunya. Setiap khatam pembacaan kitab diberikan sanad ijazahnya oleh guru dan diadakan semacam acara selamatan. Sanad ijazah keilmuan inilah merupakan keistimewaan yang mungkin hanya dimiliki oleh kalangan santri salafiyah yang menjamin murninya ajaran Islam sebagaimana yang diajarkan oleh ulama terdahulu sampai ke pengarang kitab dan bersambung sanadnya sebagai mata rantai yang tidak terputus hingga ke zaman salafushsholih sampai ke baginda Rasulullah SAW.
- Berbeda dengan umumnya pesantren di pulau Jawa yang terpusat pada satu lokasi dengan asrama santri dan jadwal kegiatan yang diatur sedemikian rupa, Pesantren Darussalam tidak memiliki asrama khusus untuk santri maupun guru, para santri sepulang sekolah masing-masing kembali ke kediamannya (santri kalong) dan mengatur jadwal sendiri untuk mendalami ilmu yang telah dipelajarinya di sekolah dengan mendatangi guru-guru yang membuka majelis ta’lim di rumahnya masing-masing.
- 3. Pesantren memiliki hubungan sangat dekat dengan masyarakat (Community Based Institution), hal ini disebabkan lokasi pesantren yang berbaur di tengah pemukiman penduduk serta aktifitas pengajaran yang tidak terfokus di sekolah melainkan juga di rumah-rumah para guru yang menyebar di seputar kota Martapura (dengan membuka majelis ta’lim khusus atau yang terbuka untuk masyarakat umum). Banyaknya para santri dan masyarakat yang berlalu lalang seputar kota untuk sekolah dan mengaji menjadikan Martapura seolah menjadi pesantren besar.
